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Réunion d'avancement du 04/11/2020 (par visio)

Présents

• Véronique Vié
• Guillaume Raffy

Compte-rendu

• graffy a fait une démonstration du tout nouveau plugin Preprocess_Sequence
• discussion des résultats du préprocessing
  • le dark doit être lissé car étant très bruité, certains pixels sont capables d'atteindre la valeur du blanc, et entraînent ainsi un pixel avec une valeur infinie dans l'image prétraitée. graffy ajoutera ainsi au plugin une option pour lisser le dark
  • graffy ajoutera aussi une option pour lisser l'image raw car sans ce lissage, l'image prétraitée présente un fort bruit aux endroits où le white est fable, à cause de la division.
  • on s'est posé la question de savoir si le signal de fluo près des bords des pièges s'explique:
    1. par une concentration forte de protéine qui se collerait aux bords
    2. ou par simplement un phénomène optique du au fait que l'indice de réfraction de la solution est différe,nt de l'indice de réfraction du piège. On penche pour l'explication 2 car l'explication 1 devrait montrer plus de de signal sur les bords les plus proches du centre que sur les bords éloignés (la protéine est censée être répartie uniformément dans le champ visuel, mais est plus éclairéeau centre); or ce n'est pas le cas
  • on a rappelé que l'on ne pourrait pas déduire les volume à partir de la surface globale des globules (il nous faudrait pour cela la répartiotion statistique des rayons des globules, chose que nous n'avons pas dans l'approche globale). L'analyse fine des globules pourra par contre nous permettre d'estimer le volume des globules