added the notes I took in meetings since the beginning of the project
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Guillaume Raffy
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df1a9b869f
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838b84512a
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\documentclass[a4paper]{article}
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\usepackage[utf8]{inputenc}
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\title{lipase}
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\author{Guillaume Raffy \and Véronique Vié }
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\begin{document}
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\maketitle
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\section{catalog images}
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image prefix :
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\begin{description}
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\item[AF]
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\item[blé] coupes de blé
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\item[CA] coupe d'amande
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\item[FE] feuille d'épinard
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\item[GGH] globule gras humain
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\item[CRF] chloroplastes de feuille d'épinard
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\item[OL] oléosome
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\item[DARK] dark
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\item[white]
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\end{description}
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\begin{description}
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\item[cin1] cinétique 1
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\begin{description}
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\item[\texttt{phiG\_40x\_1}] cinétique avant et après injection enzyme gastrique
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\item[\texttt{phiG\_40x\_Zstack20um\_1}] stack
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\end{description}
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\begin{tabular}{l|r|p{0.4\textwidth}}
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file name & time & action \\
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\hline
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\texttt{phiG\_40x\_1} & 0 mn & on commence à enregistrer et on attend 10mn (pour le bleaching)\\
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& 10 mn & debut injection phase gastrique (poussée) \\
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& 13 mn & la phase gastrique (le petit tuyau contient $20 \mu l$) arrive dans la cellule d'un coup (1 nanol) \\
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& 15 mn & on arrête l'injection \\
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\cline{1-1} \texttt{phiG\_40x\_Zstack20um\_1} & 50 mn & on fait un stack\\
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\cline{1-1} \texttt{phiG\_I\_40x\_1} & 51 mn & début d'injection phase intestinale (poussée)\\
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& x mn & on arrête l'injection \\
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\cline{1-1} \texttt{phiG\_I\_40x\_Zstack20um\_1} & 90 mn & on fait un stack
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\end{tabular}
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\item[cin2] autre échantillon similaire à cin1
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\item[cond5678] condition non réalistes
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\end{description}
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\end{document}
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Réunion d'avancement du 19/06/2018
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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- lipase-soleil-2017 (1h30)
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- vvie m'a présenté ses besoins mais il faura les repréciser
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Réunion d'avancement du 19/06/2018
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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- analyse de la publi devaux2018
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- A black camera image was taken as the background, and the illumination was estimated from the enzyme image using a low-pass Gaussian filtering of the Fourier transform of the image
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- -> pas clair
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- dark
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- objectif x100
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- 40 images de 60s avec chacun des 3 filtres
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- 80 images de 30s avec chacun des 3 filtres
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img_<temps>_DM300_<filtre>_<signal>_<prof>.tif
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filtre :
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327-353 : nm
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420-480 : nm
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signal:
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fluo
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vis
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temps : exemple (000000021)
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numero sur 9 digits
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profondeur: exemple 003
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numero sur 3 digits
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- échantillons:
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GGB : globule gras bovin
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ZeissObjectiveTurret-Label : 2-Ultrafluar 40x/0.60 Glyc
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objectif à huile : glycerol
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ouverture 0.60
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- on a regardé
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GGB_cin15_phaseG-I-No-enz_327-vis-352_40x_1
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- traitements à faire:
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- estimer la surface des blobs au cours du temps
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- estimer le niveau de gris moyen des blobs au cours du temps
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Notes de Guillaume Raffy à sa visite à Soleil le 23/11/2018
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lipase:
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Véronique Vié
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Frédéric Jamme
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Claire Bourlieu
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- objectif : observer l'action de la lipase sur les globule de gras
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- le triptophane est un acide aminé qui fluoresce dans la bande 327-353nm
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- la lipase est une protéine qui coupe les lipides.
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- on injecte plusieurs types de lipase :
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- la lipase gastrique (rDGL)
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- la lipase intestinale
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- la lipase contient environ 2% de triptophane
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- lorsque le triptophane est exposé aux UV, il fluoresce, mais la fluorescence diminue en exponentiel. On appele ça le bleach. Pour ne pas subir les effets du bleach, les images ne sont acquises
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lipase
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déconvolution de psf avec huygens (il faut des stacks en z)
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Réunion d'avancement du 25/02/2019
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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res_soleil2018
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@ -0,0 +1,15 @@
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Réunion d'avancement du 26/04/2019
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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- difficile de trouver templatematching (celui de ij_opencv crashe)
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- discussion bilan avec vvie
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- problème : le white n'est pas le bon : c'est du visible au lieu du fluo
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- idée vvie : détecter les diffs entre images sucessives sans se soucier des parties fixes.
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@ -0,0 +1,22 @@
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Réunion d'avancement du 18/06/2019
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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- on a configuré son partable dell pour pouvoir lancer mes scripts :
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- git était déjà installé
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- mise à jour de GlobuleGras/lipase.git
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- install de fiji 32 bits
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- on a réussi à lancer le scripts en changeant la ricine des images 'f:'
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- on a configuré son portable acer pour pouvoir lancer mes scripts :
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- décvlaration ip
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- install de git
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- récupération de lipase.git
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- install de fiji 64 bits
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- Jeanne Kergomarch M2 -08/2019
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- Claire : imageJ
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Réunion d'avancement du 02/07/2019
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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- retour traitement d'images de Véronique Vié (qui a suivi la formation)
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- bureau virtuel matlab
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- Telemos : telescope utilisé
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- metadataTelemos
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- smoothWhiteDarkImageTelemos
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- Marie-Françoise Devaux
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- z:/Travaux Pratiques/VIE Veronique/
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- z:/Matlab/telemosToolbox/
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- 2 methodes pour trouver le white
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1. si on n'a pas de white, il faut en créer un avec estimateWhiteFluoImagesTelemos (interactif)
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2. findWhiteReferenceImageTelemos
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-
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- correctIntensities
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- white threshold -> clamp white signal value
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- deconvolution: huygens
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plan d'action :
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- 1. mettre sur le cloud les données de la formation pendant que c'est possible
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- telemosToolbox
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||||
- les données de la formation
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- les pdf de la formation
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||||
- 2. utiliser les outils du tp pour traiter l'acquisition du tp de bout en bout
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||||
- 3. decide la suite
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Réunion d'avancement du 09/07/2019
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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plan
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1. ouvrir les images
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2. adapter les prétraitements de Marie-Françoise matlab en jython
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||||
3. mesure de la diminution des globules au cours du temps
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||||
3.1 suppression des pièges (masques + tracking)
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||||
3.2 detection des particules : 1 cinétique par particule
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||||
- idée pour la séparation des particules : suivi de contour et detection de portions circulaires pour en déduire les particules en supposoant que'elles sont sphériques.
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4. présenter les résultats
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4.1 tableau 7 colonnes
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- numéro de particule
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- temps
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- sphéricité
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- rayon
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- position centre
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- estimateWhiteFluoImageTelemos
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- entrée : S: 1 sequence fluo
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- sortie : E: 1 image de white fluo estimée
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- findWhiteReferenceImageTelemos : trouve le meilleur z dans un stack de white (matériau fluorescent : lame de Matthieu)
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- entree :
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- E : 1 image de white fluo estimée
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- W : 1 stack de white (référence)
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- darkImage
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-sortie
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- R : 1 image de white de reference après soustraction du Dark
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@ -0,0 +1,12 @@
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Réunion d'avancement du 11/10/2019
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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- décision : faire le tracking
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@ -0,0 +1,19 @@
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Réunion d'avancement du 31/01/2020
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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todo:
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- ajouter une interface utilisateur pour que l'utilisateur puisse tester correct_non_uniform_lighting
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- finaliser la generation du masque
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- pour le flood fill, prendre un pixel du coin plutôt qu'un pixel fourni par l'utilisateur
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- ajouter une interface utilisateur pour le match template
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- ajouter une interface utilisateur pour le nettoyage d'un piège
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- analyser la surface de la surface totale des particules sans regarder les particules individuellement
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- nettoyage du fond (estimate white, mais pour les images visibles)
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