improved documentation:
- fixed markdown issues - added minutes for today's meeting - now make clean also cleans the documentation temporary files
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Guillaume Raffy
parent
1ae9821a6e
commit
68e2c82eae
15
Makefile
15
Makefile
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@ -11,7 +11,18 @@ BUILD_ROOT_PATH=$(shell pwd)/build
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PACKAGE_FILE_PATH=$(shell pwd)/lipase-$(LIPASE_VERSION).zip
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.PHONY: all
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all: test
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all: test doc
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.PHONY:
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doc: doc/lipase.pdf
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doc/lipase.pdf: doc/lipase.tex
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cd doc; latexmk
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.PHONY:
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clean_doc:
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cd doc; rm lipase.pdf lipase.aux lipase.fls lipase.log lipase.fdb_latexmk lipase.dvi;
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$(BUILD_ROOT_PATH)/jars/Lib/fr.univ-rennes1.ipr.lipase.lib.jar: $(LIB_SRC_FILES)
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pushd ./src; \
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@ -91,6 +102,6 @@ test0001: install
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test: test0001
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.PHONY: clean
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clean:
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clean: clean_doc
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rm -Rf $(BUILD_ROOT_PATH)
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rm -Rf $(PACKAGE_FILE_PATH)
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22
README.md
22
README.md
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@ -10,19 +10,23 @@ As the development is at its early stages, it does not much at the moment:
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- loads a sequence of images into fiji in the form of an hyperstack (5d images : width, height, depth, channels, time)
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## How to use
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## How to install
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1. make sure that fiji is installed on your computer. If not, get it from https://fiji.sc/
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2. make sure that fiji has the IJ-OpenCV-plugins
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- in Fiji, select the Help->Update... menu item
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- in the Manage update sites window, tick the IJ-OpenCV-plugins (URL = http://sites.imagej.net/IJ-OpenCV/) if it's not ticked.
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- click the close button of the Manage update sites window
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- click "Apply changes" button in the ImageJ Updater window
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2. make sure that fiji has the `IJ-OpenCV-plugins`
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- in Fiji, select the `Help->Update...` menu item
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||||
- in the **Manage update sites** window, tick the `IJ-OpenCV-plugins` (URL = http://sites.imagej.net/IJ-OpenCV/) if it's not ticked.
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- click the `close` button of the **Manage update sites** window
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- click `Apply changes` button in the **ImageJ Updater** window
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- wait until the plugins are installed and quit Fiji
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3. Install lipase
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- lipase is released as a package named "lipase-<lipase-version>.zip". This package can be build from sources using the 'make package' command, provided you have all the build tools on your machine (make, javac, zip).
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- simply unzip the package "lipase-<lipase-version>.zip" in Fiji root directory
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||||
4. launch fiji and check that you have lipase tools in the menu Plugins/Ipr/Lipase
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||||
- lipase is released as a package named `lipase-<lipase-version>.zip`. This package can be build from sources using the `make package` command, provided you have all the build tools on your machine (make, javac, zip).
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||||
- simply unzip the package `lipase-<lipase-version>.zip` in Fiji root directory
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||||
4. launch fiji and check that you have lipase tools in the menu `Plugins/Ipr/Lipase`
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## How to use
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## Notes
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@ -15,24 +15,24 @@ Compte-rendu
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- objectif x100
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- 40 images de 60s avec chacun des 3 filtres
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- 80 images de 30s avec chacun des 3 filtres
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img_<temps>_DM300_<filtre>_<signal>_<prof>.tif
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filtre :
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327-353 : nm
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420-480 : nm
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signal:
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fluo
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vis
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temps : exemple (000000021)
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numero sur 9 digits
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profondeur: exemple 003
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numero sur 3 digits
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`img_<temps>_DM300_<filtre>_<signal>_<prof>.tif`
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- filtre :
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- 327-353 : nm
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- 420-480 : nm
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- signal:
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- fluo
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- vis
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- temps : exemple (000000021)
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- numero sur 9 digits
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- profondeur: exemple 003
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- numero sur 3 digits
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- échantillons:
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GGB : globule gras bovin
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ZeissObjectiveTurret-Label : 2-Ultrafluar 40x/0.60 Glyc
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objectif à huile : glycerol
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ouverture 0.60
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- GGB : globule gras bovin
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- ZeissObjectiveTurret-Label : 2-Ultrafluar 40x/0.60 Glyc
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||||
- objectif à huile : glycerol
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- ouverture 0.60
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||||
- on a regardé
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||||
GGB_cin15_phaseG-I-No-enz_327-vis-352_40x_1
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- GGB_cin15_phaseG-I-No-enz_327-vis-352_40x_1
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- traitements à faire:
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- estimer la surface des blobs au cours du temps
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- estimer le niveau de gris moyen des blobs au cours du temps
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@ -8,7 +8,7 @@ Présents
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Compte-rendu
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- on a configuré son partable dell pour pouvoir lancer mes scripts :
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- on a configuré son portable dell pour pouvoir lancer mes scripts :
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- git était déjà installé
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- mise à jour de GlobuleGras/lipase.git
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- install de fiji 32 bits
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@ -26,9 +26,9 @@ Compte-rendu
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- deconvolution: huygens
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plan d'action :
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- 1. mettre sur le cloud les données de la formation pendant que c'est possible
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||||
1. mettre sur le cloud les données de la formation pendant que c'est possible
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||||
- telemosToolbox
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||||
- les données de la formation
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- les pdf de la formation
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||||
- 2. utiliser les outils du tp pour traiter l'acquisition du tp de bout en bout
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||||
- 3. decide la suite
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||||
2. utiliser les outils du tp pour traiter l'acquisition du tp de bout en bout
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||||
3. decide la suite
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@ -11,19 +11,19 @@ Compte-rendu
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plan
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1. ouvrir les images
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||||
2. adapter les prétraitements de Marie-Françoise matlab en jython
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||||
3. mesure de la diminution des globules au cours du temps
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||||
3.1 suppression des pièges (masques + tracking)
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||||
3.2 detection des particules : 1 cinétique par particule
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||||
- idée pour la séparation des particules : suivi de contour et detection de portions circulaires pour en déduire les particules en supposoant que'elles sont sphériques.
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||||
4. présenter les résultats
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||||
4.1 tableau 7 colonnes
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||||
- numéro de particule
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||||
- temps
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||||
- sphéricité
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- rayon
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||||
- position centre
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||||
1. ouvrir les images
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||||
2. adapter les prétraitements de Marie-Françoise matlab en jython
|
||||
3. mesure de la diminution des globules au cours du temps
|
||||
1. suppression des pièges (masques + tracking)
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||||
2. detection des particules : 1 cinétique par particule
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||||
- idée pour la séparation des particules : suivi de contour et detection de portions circulaires pour en déduire les particules en supposoant que'elles sont sphériques.
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||||
4. présenter les résultats
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1. tableau 7 colonnes
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||||
- numéro de particule
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||||
- temps
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- sphéricité
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||||
- rayon
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- position centre
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- estimateWhiteFluoImageTelemos
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- entrée : S: 1 sequence fluo
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- sortie : E: 1 image de white fluo estimée
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@ -9,11 +9,11 @@ Présents
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Compte-rendu
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todo:
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- ajouter une interface utilisateur pour que l'utilisateur puisse tester correct_non_uniform_lighting
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||||
- finaliser la generation du masque
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||||
- pour le flood fill, prendre un pixel du coin plutôt qu'un pixel fourni par l'utilisateur
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||||
- ajouter une interface utilisateur pour le match template
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||||
- ajouter une interface utilisateur pour le nettoyage d'un piège
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||||
- analyser la surface de la surface totale des particules sans regarder les particules individuellement
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||||
- nettoyage du fond (estimate white, mais pour les images visibles)
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||||
- ajouter une interface utilisateur pour que l'utilisateur puisse tester correct_non_uniform_lighting
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||||
- finaliser la generation du masque
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||||
- pour le flood fill, prendre un pixel du coin plutôt qu'un pixel fourni par l'utilisateur
|
||||
- ajouter une interface utilisateur pour le match template
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||||
- ajouter une interface utilisateur pour le nettoyage d'un piège
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||||
- analyser la surface de la surface totale des particules sans regarder les particules individuellement
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||||
- nettoyage du fond (estimate white, mais pour les images visibles)
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@ -0,0 +1,20 @@
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Réunion d'avancement du 14/02/2020
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Présents
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- Véronique Vié
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- Guillaume Raffy
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Compte-rendu
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todo :
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- remplacer les séquences hardcodées par un scan automatique du catalogue
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- nettoyage du fond (estimate white, mais pour les images visibles)
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||||
- ajouter une interface utilisateur pour que l'utilisateur puisse tester correct_non_uniform_lighting
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||||
- pour le flood fill, prendre un pixel du coin plutôt qu'un pixel fourni par l'utilisateur
|
||||
- ajouter une interface utilisateur pour le match template
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||||
- ajouter une interface utilisateur pour le nettoyage d'un piège
|
||||
- analyser la surface de la surface totale des particules sans regarder les particules individuellement
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